На другому етапі застосовуються п’ять із семи принципів НАССР.

     Проведення аналізу та складання переліку потенційно небезпечних факторів (перший принцип НАССР).

     Важливо під час проведення аналізу небезпечних факторів не переобтяжувати реєстр та керуватись наявною науковою літературою та практичним досвідом. Небезпечні фактори слід визначати спочатку в сировині, інгредієнтах та додаткових матеріалах, а потім, керуючись нумерацією технологічних процесів, на кожному етапі.

     Під час визначення критичних контрольних точок (ККТ) слід керуватись методом аналізу ризиків, представленому в наказі Мінагрополітики №590, бо метод «дерево рішень» заснований на аналізі графічних зображень зв'язків основних і наступних варіантів ГР (господарських рішень). За основними результатами кожного рішення й очікуваної ефективності метод не завжди дозволяє чітко ідентифікувати такі точки.

     Під час визначення критично допустимих меж для кожної ККТ слід керуватись технічною документацією на обладнання, кількісними показниками процесу або технологічними показниками продукції, зазначеними в документах, за якими можна чітко відокремити належне протікання процесу від неналежного.

     Для кожної критичної точки слід встановити систему моніторингу для впевненості в тому, що критичні межі для кожної ККТ не перевищуються і процес перебуває під контролем. Система моніторингу повинна давати відповідь на такі запитання: Що контролюємо? Чим контролюємо? Як часто контролюємо? Хто контролює? Де ведуться записи?

     Останнім кроком розробки НАССР-плану є встановлення дій, які дозволять повернути процес виробництва у встановлені критичні межі, а продукт в статус «безпечний». При розробці корегувальних дій слід зазначити, що робити з процесом (обладнанням, технологією), та що робити з продуктом, а також хто приймає рішення про застосування корегувальних дій.

     За результатами успішного виконання другого етапу слід розробити такі документи:

- реєстр небезпечних факторів з вказанням джерела виникнення;
- методика визначення ККТ з чітким описом етапів їх визначення (за потреби);
- форма застосування методики для кожного небезпечного фактора з встановленням ККТ;
- НАССР-плани для виробництва продукту чи групи;
- форми записів результатів моніторингу для кожної ККТ;
- форми записів у разі застосування корегувальних дій.

     Після ефективного застосування п’яти з семи принципів НАССР та розробки необхідної документації слід перейти до третього етапу перевірки дієвості та ефективності розробленої системи управління, яка базується на принципах НАССР.