Відділ внутрішнього аудиту створено з метою забезпечення ефективної діяльності Головного управління та підпорядкованих йому установ, захисту їх законних майнових інтересів, удосконалення системи бухгалтерського обліку і сприяння підвищенню ефективності роботи працівників, зміцненню фінансового стану.

Основним завданням відділу є надання начальнику Головного управління об'єктивних і незалежних висновків та рекомендацій щодо:

• функціонування системи внутрішнього контролю та її удосконалення;
• удосконалення системи управління;
• запобігання фактам незаконного, неефективного та нерезультативного використання бюджетних коштів та інших активів, а також виникненню помилок чи інших недоліків у діяльності об’єктів внутрішнього аудиту шляхом проведення аудитів та надання усних консультацій;
• запобігання виникненню помилок чи інших недоліків у діяльності Головного управління, його підпорядкованих установ, що належать до сфери його управління.