Зберігання насіння є завершальним етапом технологічного процесу виробництва насіння. Його метою є забезпечення збереження життєздатності насіння, сили росту, здатності дружно проростати в польових умовах та реалізовувати генетичний потенціал сорту, запобігання засміченню, розповсюдженню хвороб та шкідників.

     Погіршення якості насіння під час зберігання може відбуватися від самозігрівання, розвитку комах, кліщів, мікроорганізмів тощо. Уникнути негативного впливу вказаних явищ можна за умов правильної підготовки складських приміщень, раціонального розміщення насіння у сховищах, підтримання оптимального режиму зберігання й постійним спостереженням за ним.

     На зберігання слід закладати сухе виповнене насіння, оскільки щупле насіння зберігається гірше. Вологість насіння повинна бути в межах або нижче критичної. Для насіння пшениці, жита, ячменю, гречки вона складає 14-15%, для кукурудзи -14%, проса – 13,5-14%, соняшнику – 7-10%.

     Насіння обов’язково має бути очищене від домішок, які є джерелом самозігрівання (рослинні рештки, насіння бур’янів, живі комахи тощо). Розміщення насіння. При зберіганні необхідно вживати всіх можливих заходів, щоб запобігти змішуванню насіння - це один з головних законів насінництва. Тому до початку жнив складають план розміщення насіння нового врожаю по культурах, сортах і генераціях.

     Кожну підготовлену партію, що підлягає зберіганню, необхідно зважити, пронумерувати й установити штабельний ярлик чи етикетку.

     Оригінальне, елітне, а інколи і насіння першої генерації зберігається в мішках, а мішки - у штабелях, які формують на спеціальних піддонах не нижче, ніж за 15 см від підлоги. Мішки повинні бути міцні, сухі, чисті та знезаражені.

     Не можна розміщувати у сусідніх засіках насіння важковідокремлюваних культур (наприклад: жито і пшеницю, ячмінь і овес). Щоб насіння не потрапляло в сусідні засіки, його не досипають на 15-20 см. Висота насипу для зернових і зернобобових культур не повинна перевищувати 2м, а олійних - 1,5м. Висота насипу чи штабелів встановлюється в залежності від культури, вологості, температури та пори року. Для насіннєсховищ, що обладнані активною вентиляцією, висота може перевищувати зазначені межі на 0,5м. Щоб запобігти конденсації пари на насінні, засіки ставлять на відстані мінімум 0,5м від зовнішніх стін насіннєсховища.

    Контроль за насінням. З моменту надходження насіння у сховище необхідно вести систематичне спостереження за їх вологістю і температурою, за температурою і вологістю повітря, за зміною кольору насіння, його запаху, появою осередків самозігрівання та шкідників. Особливо ретельні спостереження за температурним режимом зберігання слід вести пізньої осені та рано навесні, коли підвищується вологість повітря і збільшуються коливання температури, що може спричинити самозігрівання. Температуру насіння визначають за допомогою спеціальних приладів- термощупів. Температуру на початку зберігання необхідно вимірювати щодня, через 1-2 місяці - не менш ніж 2-3 рази на тиждень, а взимку – раз на тиждень, в різних місцях на глибині 20-30 см, у середній частині і внизу біля підлоги. Насіннєсховища періодично провітрюють, використовуючи активне вентилювання. Слід пам’ятати, що відносна вологість зовнішнього повітря має бути не вище 60-70%, а температура – нижчою, ніж температура приміщення, бо інакше можлива конденсація вологи на насінні. Перевірку вологості насіння треба контролювати щомісяця – при температурі насіння 0°С і нижче, два рази на місяць - при температурі вище 0°С, а також після транспортування чи обробці пестицидами. Для швид­ко­го виз­на­чен­ня во­ло­гості зер­на в гос­по­дар­ст­вах ви­ко­ри­с­то­ву­ють різно­го ро­ду во­ло­гоміри.

     Під час зберігання насіння здійснюється систематичний органолептичний контроль за його зовнішнім виглядом, запахом, а також аналітичний контроль за посівними якостями і зараженістю шкідливими комахами, кліщами й хворобами. Спостереження ведеться за кожною партією окремо.

     Особливо ретельний контроль встановлюють за партіями з підвищеним ступенем травмування, а також тими, формування і достигання яких відбувалося за несприятливих погодних умов.

     Зараженість шкідниками насіння визначається залежно від температури насіння:
- вище 10 ⁰С - один раз у 10 днів;

- нижче 10 ⁰С - один раз у 15 днів;

- нижче 5 ⁰С - один раз у 20 днів.

     Обстеженню на зараженість підлягає не тільки насіння, але й тара, стіни, підлога, інші місця сховища. Втрата блиску, білясте або сірувате забарвлення насіння пшениці є наслідком самозігрівання і впливу тривалих опадів. Затхлий запах свідчить про зберігання насіння у вологому приміщенні, оселедцевий - властивий зерну, ураженому мокрою сажкою. Зморшкуватість зерна пшениці пов’язана з пошкодженням його морозом. Цвілевий запах є наслідком активної дії в зерновій масі шкідливої мікрофлори (так звана цвіль зберігання), що свідчить про підвищену вологість насіння й можливу наявність осередків самозігрівання. Усі роботи, що проводились з насінням, фіксуються у книзі обліку насіння. Важливим елементом контролю зберігання насіння є його перевірка в акредитованих лабораторіях та отримання Сертифікату, що засвідчує посівні якості насіння. Перед закінченням терміну дії Сертифікату, обов’язковою є повторна сертифікація насіння з отриманням нового Сертифікату. Також невід’ємним елементом зберігання насіння є здійснення внутрішньогосподарського контролю за виробництвом та обігом насіння, та ведення насінницької документації відповідно до встановлених форм.