Серед заходів захисту рослин слід виділити особливий карантинний режим, спрямований на запобігання занесенню та поширенню відсутніх на території України регульованих шкідливих організмів. Як правило, такі організми заносяться в Україну із-за кордону і виявляються шляхом проведення фітосанітарного контролю на митному кордоні. Таким чином, карантинний режим належить до митних технічних бар'єрів у зовнішньоекономічній діяльності. Взагалі за своїм значенням карантинний режим є особливим режимом захисту рослин, основні засади якого встановлюються Законом України "Про карантин рослин".

Карантином є утримання об'єктів регулювання у визначених місцях для проведення їх моніторингу або подальшого інспектування, фітосанітарної експертизи та обробки. При цьому фітосанітарною експертизою є перевірка та аналіз об'єктів регулювання в лабораторних умовах на предмет наявності або відсутності регульованих шкідливих організмів, а інспектуванням - візуальна перевірка об'єктів регулювання для визначення наявності регульованих шкідливих організмів та/або відповідності фітосанітарним правилам. До шкідливих організмів належать будь-який вид, штам або біотип рослин, тварин, патогенний агент, шкідливий для рослин чи продуктів рослинного походження, у тому числі комахи, кліщі, грибки, бактерії, віруси, нематоди та бур'яни.

Державне управління у сфері карантину рослин здійснюється Кабінетом Міністрів України, Міністерством аграрної політики та продовольства України, органами Державної служби з питань безпечності харчових продуктів та захисту споживачів.

У разі виявлення карантинних організмів на території України запроваджується карантинний режим як особливий правовий режим, що передбачає систему фітосанітарних заходів, які здійснюються у карантинній зоні з метою локалізації та ліквідації карантинних організмів. Карантинним є вид шкідливого організму, який у разі занесення або обмеженого поширення на території України може завдати значної шкоди рослинам і рослинним продуктам. При цьому фітосанітарними є будь-які заходи, включаючи усі нормативно-правові вимоги, фітосанітарні правила та процедури, що є обов'язковими для виконання органами державної влади та особами. Перелік регульованих шкідливих організмів затверджений наказом Міністерства аграрної політики України "Про затвердження Переліку регульованих шкідливих організмів" 29.11.2006 р.  № 716.

Відповідно до ст. 33 Закону України "Про карантин рослин" карантинний режим запроваджується: у межах декількох областей Кабінетом Міністрів України за поданням Головного державного інспектора з карантину рослин України; на території Автономної Республіки Крим, областей, декількох районів, району, населеного пункту чи території окремого господарства - відповідно Радою міністрів Автономної Республіки Крим, місцевою державною адміністрацією за поданням відповідно головних державних інспекторів з карантину рослин чи державних інспекторів з карантину рослин. Карантинний режим запроваджується протягом доби з моменту виявлення карантинного організму. Орган, що приймає рішення про запровадження або скасування карантинного режиму, протягом доби повідомляє осіб, що розташовані, перебувають або проживають у регульованій зоні.

Процедура виявлення карантинних шкідників та подальшого поводження з ними врегульована нормативно і здійснюється відповідно до Порядку проведення інспектування, огляду, фітосанітарної експертизи (аналізів), повторної фітосанітарної (арбітражної) експертизи (аналізів), нагляду, обстеження, моніторингу, знезараження об’єктів регулювання, оформлення сертифікатів, передбачених Законом України “Про карантин рослин”, контролю за проведенням огляду в частині відбору зразків та вибіркового контролю за проведенням фітосанітарної експертизи (аналізів), затвердженого постановою Кабінету Міністрів України від 15 листопада 2019 р. № 1177. Поряд із цим існують акти, що врегульовують вищезазначені процедури, наприклад Інструкції з виявлення, локалізації та ліквідації вогнищ карантинних бур'янів, Інструкції із знезараження плодів цитрусових від середземноморської плодової мухи методом рефрижерації, Інструкції з виявлення, локалізації та ліквідації вогнищ західного кукурудзяного жука та ін.

Огляд об'єктів регулювання передбачає проведення інспектування, під час якого здійснюється відбір зразків для проведення фітосанітарної експертизи. Обстеженням є збір та реєстрація даних огляду, моніторингу та інших процедур, пов'язаних з визначенням наявності або відсутності інспектування - візуальна перевірка об'єктів регулювання для визначення наявності регульованих шкідливих організмів та відповідності фітосанітарним правилам. Нарешті, інспектування - це візуальна перевірка об'єктів регулювання для визначення наявності регульованих шкідливих організмів та відповідності фітосанітарним правилам.

З метою визначення фітосанітарного стану об'єктів регулювання державні фітосанітарні інспектори проводять систематичні обстеження земель сільськогосподарського призначення, пунктів карантину рослин та прилеглої до них території (трикілометрової зони), місць обігу об'єктів регулювання. Обстеження проводиться державним фітосанітарним інспектором у період вегетації культурних рослин з такою періодичністю: 1) кожного півріччя - на місці виробництва або виробничій ділянці, на яких офіційно встановлено та підтримується статус вільних від регульованих шкідливих організмів; 2) щороку - у суб'єктів господарювання, які вирощують елітне насіння і садивний (посадковий) матеріал, на державних сортодослідних станціях, у плодорозсадниках, інтродукційно-карантинних розсадниках і карантинних оранжереях ботанічних садів, а також на територіях, де запроваджено карантинний режим; 3) один раз на два роки - у суб'єктів господарювання, що здійснюють виробництво та переробку сільськогосподарської продукції, на землях осіб, де не виявлено карантинних організмів, та на прилеглих до них територіях. Результати обстеження оформлюються актом.

Висновок фітосанітарної експертизи надається за результатами аналізу щодо наявності шкідливих організмів протягом трьох днів із дня подання зразка об'єкта регулювання на аналіз, а щодо саджанців, живців, квіткових цибулин, бульб - наступного дня. У разі проведення складного аналізу (мікологічного, бактеріологічного, вірусологічного, гельмінтологічного) висновок про результати фітосанітарної експертизи надається протягом 30 днів із дня подання зразка об'єкта регулювання на аналіз. На підставі результатів фітосанітарної експертизи кожного зразка об'єкта регулювання і оцінки виявлених шкідливих організмів державний фітосанітарний інспектор визначає фітосанітарний стан партії об'єктів регулювання та приймає рішення про застосування фітосанітарних заходів. Заражені шкідливими організмами об'єкти регулювання, що вивозяться за межі митної території України або карантинної зони, підлягають обробці або фумігації (знезараженню).

Важливе значення у боротьбі з карантинними організмами відіграє фітосанітарний контроль за переміщенням рослинницької продукції як із-за кордону, так і всередині країни. Карантинні організми можуть перетинати митний кордон України як безпосередньо, так і перебуваючи серед так званих підкарантинних об'єктів. Підкарантинними є матеріали та об'єкти, які можуть сприяти поширенню або за допомогою яких можуть поширюватися карантинні організми. Перелік підкарантинних об'єктів затверджено постановою Кабінету Міністрів України від 15 листопада 2019 р. № 1177. По-суті, носієм карантинних організмів, тобто підкарантинним об'єктом, може бути будь-яка продукція рослинництва, зокрема зернові культури, овочі, фрукти, саджанці тощо. У разі виявлення карантинних організмів зазначені об'єкти підлягають знезараженню (фумігації), тобто обробці хімічними речовинами, які знаходяться у газоподібному і рідкому стані, підкарантинних матеріалів, транспортних засобів з метою знищення карантинних організмів.